«شورای عالی آموزشی و پژوهشی» مجتمع علامه طباطبایی در سال ۱۳۹۵ تشکیل شد تا سیاست گذاری های کلان آموزشی و پژوهشی مجتمع را طراحی کند. همه فعالیت های آموزشی و پژوهشی واحدهای ده گانه مجتمع، به صورت هماهنگ، زیر نظر «شورای عالی آموزشی و پژوهشی» انجام می شود.

برنامه ریزی کلان آموزشی، نظارت بر فعالیت گروه های آموزشی تخصصی، نظارت بر تدوین درسنامه‎های اختصاصی هر درس در هر پایه، ارزشیابی مستمر دانش آموزان با برگزاری آزمون های گوناگون هماهنگ از جمله مهمترین برنامه های این شورا در مجتمع علامه طباطبایی است.

از دیگر وظایف «شورای عالی آموزشی و پژوهشی» مـی تـوان به برنامه ریـزی کلاس های متنوع پژوهشی – مهارتی و فرادرسی، تصمیم گیری درباره شرکت دانش‎آموزان در جشنواره های پژوهشی جهانی و سیاستگذاری انتخاب و ارزشیابی دبیران اشاره کرد.

اعضای «شورای عالی آموزشی و پژوهشی» مجتمع علامه طباطبایی در جلسه های شورا، درباره خط مشی های اصلی آموزشی و پژوهشی مجتمع بحث و تبادل نظر می کنند.

نتیجه این جلسات، مصوباتی است که مسئولان آموزش مقاطع آن ها را به برنامه هایی اجرایی تبدیل می کنند.