«شوراي عالي آموزشي و پژوهشي» مجتمع فرهنگي، آموزشي علامه طباطبايي در سال 1385 تاسيس شد تا سياست‌گذاري‌هاي کلان آموزشي و پژوهشي مجتمع را طراحي و بر حسن اجراي آن نظارت کند. فعاليت‌هاي آموزشي و پژوهشي تمام واحدهاي مجتمع علامه طباطبايي، به‌صورت هماهنگ، زير نظر شوراي عالي آموزشي و پژوهشي انجام مي‌شود. دبيران درس‌هاي مختلف هم در قالب گروه‌هاي مستقل، زير نظر اين شورا، فعاليت‌هاي خود را هماهنگ کرده و براي پيشرفت دانش‌آموزان در هر درس، ايده‌پردازي مي‌کنند. استراتژي نحوه انتخاب دبيران، ارزيابي عملکرد آنان و ارتقاء سطح کيفي آموزش مجتمع علامه طباطبايي از ديگر وظايف «شوراي عالي آموزشي و پژوهشي» است. درس‌نامه‌هاي اختصاصي مجتمع، براي کمک به يادگيري بهتر دانش‌آموزان نيز با نظارت اين شورا آماده مي‌شود. اين درسنامهها بر اساس سطح تدريس معلم‌ها و استعداد و پشتکار علامه‌اي‌ها تنظيم شده است. در سيستم آموزشي تدوين شده براي مجتمع علامه طباطبايي، بر «يادگيري مفاهيم» تاکيد ويژه‌اي شده است. اين رويکرد در تدريس معلم‌ها، آزمون‌هاي جامع و تنظيم درسنامهها، به خصوص براي درس‌هاي رياضي و علوم اعمال مي‌شود.
ارزيابي مستمر با آزمون جامع
يکي از وظايف شوراي عالي «آموزشي و پژوهشي» طراحي و برگزاري آزمون‌هاي هماهنگ، در مجتمع علامه طباطبايي است. آزمون‌هاي هماهنگي که در سطح مدارس مجتمع برگزار مي‌شود، اصلي‌ترين معيار ارزيابي آموزشي دانش‌آموزان و معلم‌ها است. در سال تحصيلي 97-98 پنج آزمون هماهنگ تحت عنوان «آزمون جامع» به سه شکل تشريحي، چهارگزينه‌اي و پاسخ کوتاه برگزار مي‌شود. بعد از هر آزمون جامع، گزارشي از عملکرد دانش‌آموزان هر واحد به تفکيک درس و پايه براي مسئول آموزشي هر واحد ارسال مي‌شود. مشاوران هر پايه تحصيلي، با مطالعه گزارش‌هاي اين آزمون‌ها، که توسط معاونت آموزشي و پژوهشي مجتمع تهيه مي‌شود، نقاط قوت و ضعف کلي دانش‌آموزان را متوجه مي‌شوند و بر اساس آن براي آزمون بعدي برنامه‌ريزي مي‌کنند. هر سال يکي از آزمون‌هاي هماهنگ، تحت عنوان «نردبام» برگزار مي‌شود. اين آزمون با هدف بالا بردن سطح دقت دانش‌آموزان طراحي شده است. در اين آزمون، رسيدن به جواب آخر اهميت دارد و تنها به آن نمره تعلق مي‌گيرد.
آموزشگاه درون مدرسه‌اي زبان براي علامه‌اي‌ها
يادگيري زبان دوم براي نوجوانان لازم و ضروري است. مجتمع فرهنگي، آموزشي علامه طباطبايي در آموزش زبان به کتاب درسي اکتفا نمي‌کند و سيستم آموزش جداگانه‌اي براي اين کار در نظر گرفته است. دانش‌آموزان در پايگاه تابستاني سطح‌بندي شده و کلاس‌ها در طول سال تحصيلي در شش سطح برگزار مي‌شود. در واقع مي‌توان گفت که يک آموزشگاه زبان درون مدرسه اي در مدارس علامه طباطبايي وجود دارد که کتاب‌هاي «تاپ ناچ»، از کتاب‌هاي به روز دنيا را تدريس مي‌کند.
آزمون‌هاي (PET) پت و (KET) کت در سال نهم در مدارس برگزار مي‌شود که عمده دانش‌آموزان در اين آزمون با نمره‌هاي عالي قبول مي‌شوند و مدرک بين‌المللي دريافت مي‌کنند. طراحي سيستم آموزش زبان و نظارت بر حسن اجراي آن، از ديگر مسئوليت‌هاي «شوراي عالي آموزشي و پژوهشي» است.
تربيت نوجواناني پژوهشگر
دانش‌آموزان علامه‌اي پايه هفتم در بدو ورود به پايگاه تابستاني با رشته‌هاي پژوهشي آشنا مي‌شوند و بر اساس علاقه و پيشنهاد معلمان پژوهشي يکي از رشته‌ها را برمي‌گزينند. آن‌ها در سه سال متوسطه اول در رشته‌اي که انتخاب کرده‌اند، آموزش مي‌بينند و در مسابقات مختلف اعم از داخلي، منطقه‌اي، کشوري، بين‌المللي، المپيادها و جشنواره‌ها شرکت مي‌کنند. در کلاس‌هاي پژوهش مباحث مختلف رياضي، فيزيک و شيمي به صورت کاربردي و عملي آموزش داده مي‌شود. همه فعاليت‌هاي پژوهشي مجتمع علامه طباطبايي به صورت هماهنگ در «شوراي عالي آموزشي و پژوهشي» تدوين مي‌شود.